王士元被送到镇江后，军情司立即寻找当年从北京皇宫南下的太监和宫人，以及曾见过崇祯诸子的官员。
经这些人辨认和询问，虽然不敢确认这个王士元就是崇祯五子永王朱慈焕，但却都肯定王士元是从宫里出来的，不然他不会对宫里情形记得那么清楚，甚至连两个哥哥的小名都知道。
王士元是不是朱慈焕，事关重大，周士相不敢大意，虽然定武帝在文村时曾提起孝烈皇帝有子许流落江浙，但这不代表这个王士元就一定是朱慈焕。因此他需要一个肯定答案，而不是“可能”或“也许”。
周士相如此重视这件事，不仅仅是要弄清这个“朱三太子”到底是真是假，更重要的是要弄清这个“朱三太子”是自己主动出来，还是背后有人让他出来。两者的结果是一样，但性质却绝不相同，也关系到周士相如何对待这个“朱三太子”。
周士相担心王士元的背后或许有什么人在暗中操作，借着这位可能是真孝皇之子的“朱三太子”兴风作浪。他的怀疑不无道理，因为南渡以后，朱明宗室谱系就大乱，很多骗子和有心人纷纷出场，早在弘光年间，就有“大悲案”和“真假太子案”闹得沸沸扬扬，这背后不乏江南士绅的代言人东林党人在掀风作浪。
“大悲案”倒罢了，最后证实的确是一个骗子自称是明朝亲王，从兵乱中逃出做了和尚。此人先称自己是崇祯帝封的齐王，后来又改称是吴王，又说什么“潞王恩施百姓，人人服之，该他做大位”，语无伦次，形迹可疑，一看就是个骗子。所以九卿科道会审之后，将这骗子给处斩了。
“大悲案”最大的影响可能就是让潞王的名声变得更好，除此以外倒是没有什么。不过“假太子案”造成的影响却很大，不仅真正动摇了弘光政权，时至今日，也有很多人认为当年被弘光处死的那个少年就是孝皇太子。
那个假太子是当时崇祯朝的鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下时，于途中遇到并结伴而行的。晚上就寝时穆虎发现少年内衣织有龙纹，惊问其身分，少年自称是皇太子。
穆虎大吃一惊，便将此事告于主人高梦箕。高梦箕难辨真假，便将这少年送往苏州、杭州一带隐蔽。可是，这少年经常招摇于众，露出贵倨的样子，引起人们的注意，背后窃窃私议。高梦箕害怕这少年会牵连自己，不得已密奏朝廷。弘光帝得知之后，急忙派遣内官持御札宣召，命锦衣卫将这少年带回看管。
随后，弘光面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。大学士王铎曾经担任东宫教官三年，自然熟悉太子的模样，结果一眼就看出是奸人假冒。
当时的南京城见过太子朱慈烺的并不止王铎一个，曾任东宫讲官的刘正宗、李景廉等人皆言太子眉长于目，所以见了伪太子后都不认识。弘光帝还不放心，特意又让旧东宫伴读太监丘执中往认。那伪太子见了丘执中，却不识也，弘光这才相信这少年乃是假冒。
然而，即便是知道那少年不是真太子，可一直对弘光继位不满的东林党人却乘机兴风作浪，散布流言蜚语，在不明真相的百姓和外地文官武将中掀起了一片喧哗。弘光朝廷越说是假，远近越疑其真。这事一直闹到清军占领南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
此案的最大影响就是严重削弱了弘光帝的合法性，使得文武百姓对弘光离心，加上东林党人散布的大量有关弘光“昏庸”的流言，间接使得弘光政权迅速垮台。有这前车之鉴在，周士相自然不能重蹈其覆。
东林党现在虽然倒台，大多数党人都在清廷当了官，但他们的根基江南士绅阶层却在，而且正被周士相严厉打击，故而突然间就有个自称孝皇之子的王士元站出来，周士相不怀疑才有鬼了。
最终，周士相写了一封密信给南都的兵部尚书张煌言，请他至镇江辨认王士元身份真假。
张煌言知道此事后，心中也是震惊，连忙秘密赶到镇江。在与王士元密谈了足足半个时辰后，张煌言出来很肯定的告诉周士相，此人就是先帝五子朱慈焕。
有当年北京宫中老人辨认问询，也有曾见过崇祯诸子官员的认可，再有张煌言的确认，王士元的身份在没有周士相前世DNA技术的帮助下，在这个时代已经确凿。
周士相相信张煌言不会认错，看走眼，因此他也相信了王士元就是朱慈焕。但他没有就此上报定武帝，也请张煌言能够不要将事情泄露出去。一方面，他还要继续观察王士元一段日子，确保万无一失。另一方面，他也想看看这个王士元的背后，到底有没有不可告人的一面。
张煌言犹豫之后，答应了周士相的请求。苍水公也不想因为永王的出现，让朝堂掀起一场轩然大波。
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王士元在镇江虽然被严密监视，过着“软禁”的日子，但各项供应都很丰盛，吃的用的俨然都是照亲王待遇提供。只是几个月来，除了一开始不断有人过来和他见面，之后便再也没人来看过他。至于那位外界流传的屠鞑如屠猪般的齐王殿下，更是自始至终都没有露过面。
王士元心中有不安，也有点后悔，不应该主动承认自己是朱慈焕，他担心自己会不会和当年那个“伪太子”一样，被杀人灭口。因为他意识到，自己的身份虽然高贵，但也有危险。危险就来自于那个九五之尊所坐的龙椅。
同时，王士元也想家，想念自己的三个儿子和两个女儿。自从被送到镇江后，他对家中的情况一无所知。他曾恳请身边“照顾”他的人，希望他们能够将自己的家眷接来，可却被告知他的妻子儿女过得很好，但现在却不能来到他的身边。
无尽的等待，与世隔绝的王士元在觉得自己快要疯了的时候，外面的院门被人推开，随后一个凶神恶煞，瞎了一只眼的大汉嚷着大帅要见他。
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站在传闻中拿满州人心肝下酒的太平军大帅面前，王士元不由自主的腿肚发抖，哪怕对方长得并不可怕，甚至相貌还很周正，嘴角也挂着淡淡的笑容。
“你不必害怕，如果你真是烈皇之子，按理，我还是你的臣子。”
有关王士元懦弱胆小之事，周士相早已从军情司和“照顾”他的那些人口中了解，但却没想到这位烈皇之子却胆小到这种程度。哪怕他能勇敢的直视自己，至少也让周士相觉得他对得起他的父亲崇祯。
王士元不敢说话，将头深深的低在那，双手双腿都在发抖，甚至周士相都能听到他牙关的颤抖声。
“坐吧。”
周士相摇了摇头，让瞎子李搬来椅子放在王士元的身后。王士元却恍若未闻，站在那仍一动不动。瞎子李见了有些不耐，上前一步要将他按下去。结果手刚碰到王士元，对方却吓得一下跳了起来，惊慌失措道：“莫要杀我，莫要杀我!...”
“我何时说要杀你了？”
王士元的反应让周士相不知是要笑，还是要哭。摆手让瞎子李站到一边去，免得真吓坏了这位永王殿下。
“你...你不杀我？...”王士元面无人色。
周士相朝椅子一指，不容置疑道：“坐下说话。”
“好...好...”
心头乱跳的王士元僵硬的坐到了椅子上，屁股却不敢坐实，只沾了一点。瞎子李见了不由一脸鄙夷，心道这家伙算什么三太子，胆小如鼠。
王士元的表现让周士相也是眉头大皱：此人到底是故意如此，还是本性真的就这么胆小？
眉头缓缓舒开，周士相不动声色，很是平静的问王士元道：“本王现在再问你一句，你是否真是烈皇五子永王殿下？”
“我...”
王士元仍不是不敢直视周士相，牙关紧咬，半响，终是小声道：“回齐王殿下话，我就是朱慈焕。”
周士相点了点头，问他道：“既然你是永王殿下，那为何从前不肯站出来领导军民抗清呢？”
“这...”
王士元不知如何回答，因为他真的害怕那些杀人如麻的鞑子，小时候在宫里时，他可是经常看到他的父皇为寇边的鞑子哀声叹气。从北京逃出来南下这一路，他更是看到清军无数暴行。那一堆堆无头尸体在幼小的他心灵之中留下了这一辈子也磨不去的可怕烙印。
他不想死，不想被人用刀将脑袋砍下，所以他躲，他到处躲，哪怕见到许许多多的军民为了他朱家和鞑子奋战，他也不敢勇敢的站出来去告诉他们自己的身份。他只想活下去，平平安安的活下去。为了活下去，他甚至主动剃发易服，在脑袋后面留了那根他父皇在世之时最为厌恶的辫子。
王士元不吱声，他知道自己的从前所为实在是丢人，丢他自己的脸，也丢他父亲的脸，更丢他祖宗的脸。这一刻，他真是羞愧，后悔之心更甚，觉得自己为什么会鬼迷心窍想到出来表明身份。
周士相没有再逼问心弦已经崩到极点，似乎随时都会抱头痛哭的王士元。对方从前的所做所为，他能够理解，但却不会原谅，因为他姓朱，更因为他是崇祯的儿子。
“从前的事我便不问你了，但问你一句，既然你已隐姓埋名这么多年，为何不继续隐瞒身份就此终老，反而还要出来承认你是永王殿下呢？”
这个问题，周士相隐隐已经有了答案，但他更想听王士元自己亲口说出来。
这个问题也让王士元恢复了些许镇定和宁静，他难得的将头稍稍抬了一点点，虽然仍然不敢直视眼前的周士相，但周士相却能看清他的脸庞。
“我表明身份，是因为...是因为我毕竟是父皇的血脉。加上南都已经光复，所以我...我想，我可以认回祖宗了。”
说完，王士元下意识的摸了摸脑袋，上面不再是光秃秃，而是长出了长发。
“认回祖宗？”
周士相笑了起来。笑声中，他来到了王士元面前，正色看着他，语气中带有逼问。
“你可以认回祖宗，那么你知不知道你的身份意味着什么？你要明白，一旦世人接受了你的身份，你很可能会成为大明朝的皇帝，因为你是烈皇之子，这世上还有谁的血统比你更适合继承大明江山呢？”
王士元听了这番话，立即将脑袋猛摇，连连说道：“不敢想，绝不敢想...”生怕周士相认定他有当皇帝的心思，王士元只差跪下对天发誓了。
“不敢想，那你认回祖宗干什么？你继续当你的教书先生岂不更好？继续当王士元岂不更好！”
周士相的脸色很冷，冷得让王士元一个哆嗦，吓得一句话也说不出来。
“你告诉我，你凭什么有脸认回祖宗？你有什么资格认祖归宗！千千万万大明百姓倒在满州人屠刀之下的时候，你在做什么！成千上万大明仁人志士抛家舍妻，勇敢的和满州人反抗的时候，你又在做什么！”
周士相语气无比严厉，“你在忙着躲，你在忙着打理你的小辫子，你在忙着生儿育女，忙着老老实实的做鞑子的奴才！...现在满州人被打跑了，你倒站了出来，你想要世人知道你是烈皇之子，你的血统有多么高贵，你想重新成为大明的亲王，甚至是皇帝！...我问你，你到底凭什么站出来，凭什么想要这一切！”