奴隶的身份转化问题，在这个时代几乎不可避免，马尼拉地区也同样有大量来自东非、西亚、南亚等地的奴隶人口。据总督府里查抄出来的档案记录，目前至少有超过两千八百名登记在册的奴隶生活在马尼拉湾周边地区，而实际数字肯定还在此之上，因为按照过去西班牙殖民政府对奴隶的管理制度，这些通过官方渠道进入本地市场贩售的奴隶，奴隶主都已向马尼拉当局缴纳过税金。而为了省下这笔钱，不少奴隶主也会设法偷偷走私人口入境，“黑户”的存在这里也是很普遍的现象。
在西班牙统治时期，奴隶脱籍得到自由身可以说是概率非常小的事件，一般来说他们都不得不以下等仆从或者苦力劳工的身份为主人服务到自己进坟墓的那一天，只有极少数的幸运儿能够得到上天的眷顾。
海汉接管这里之后，一部分奴隶的主人已经在战争中死去，这些奴隶也就得以自动脱离了奴籍，成为战后的首批自由民。当然这种自由也只是相对而言，在海汉管理之下的马尼拉地区，可不是谁都能想来就来想走就走。即便是自由民，也还是需要在海汉民政部门重新登记身份，今后想要获得海汉籍，就少不了得有官方收录的个人基本资料。
海汉官方对于人口贸易的态度一向比较暧昧，不公开支持但也不会明确反对，对于西班牙人引入到马尼拉地区的奴隶人口，海汉当然是照单全收。不过这数以千计的奴隶要分门别类，核对资料，重新登记造册，对邱元主管的民政部门来说也是一个挺麻烦的工作。
对于没有主动与海汉军进行武力对抗的本地人，包括西班牙移民在内，海汉原则上还是承认其财产所有权。而这些奴隶，按照现行的法律来说，也是私人财产的一部分。但本地民众大多对新统治者的管理措施抱有疑虑，再加上有语言文化的隔阂，对马尼拉地区的人口统计工作进行得十分缓慢。邱元也不得不先参照西班牙殖民者所留下的资料，来修订自己的施政措施。
按照邱元的构想，接手马尼拉地区的行政工作之后，有两项必须要抓紧时间进行的工作，一是完成对本地人口状况的调查和登记，二是尽快组织人手恢复社会生产。制造更多的就业机会，让民众不需要去考虑改朝换代对自己生活带来的负面影响，是邱元最主要的施政方针之一。
海汉在过去数年中使用或硬或软的手段从各国夺取了不少土地，也多次组织过战后的社会秩序恢复工作，自有一套比较成熟的操作方案。邱元带来的人手不多，便从本地临时选拔了一批汉人负责具体的民政事务，一边培训一边带着他们实习操作，虽然仍是有些磕磕绊绊，但总算是要胜过了军方的外行。
马尼拉本地的产业以商贸、粮食、香料为主，但西班牙人的农业科技水平与海汉相比差距极大，以前的殖民政府对农业开发又没有一个科学的长期规划，因此本地的农业仍然是很粗放的经营模式，农产品品种较为单一，也缺乏对其进行深加工的设施。但即便如此，农业仍是本地的重要支柱产业之一，根据西班牙人的统计资料，本地的农业人口约莫占了总人口的七成左右。
海汉农业部的高官们参考了后世这一地区的开发经验，准备在马尼拉附近的平原地区大量引种咖啡树、烟草、甘蔗、油棕等经济作物，并建立起农业深加工产业链，以提升本地农产品的经济价值。而由民政机构从本地通过调查统计清理出来这些背景比较干净的民众，包括那些已经拥有了自由身的奴隶，大多会在接下来的几年中被投入到农业开发中充当劳动力。
不过这个计划要见到真正的成效，至少也是两三年之后的事情，目前所能做的只是将城内外的闲散人员先组织起来，让他们恢复生产劳动，这样也有利于稳定本地的社会治安状况。
邱元的目的很明确，既然本地是农业人口所占的比重较大，那么只要让这部分人能有稳定的生计，本地的局面也就不容易生乱了。而为农业人口创造就业岗位，这正是海汉所擅长的统治技能之一。以马尼拉湾北部平原地区的自然条件，好好规划一下，养活百八十万人也不在话下。
恢复本地的商贸产业，对海汉来说就更是轻车熟路了，马尼拉本身就是一个傍海而建的贸易港，如果不是海汉在前几年横空出世，马尼拉此时也是南海的主要贸易中心之一，与荷兰人经营的巴达维亚应该相差无几。有这样得天独厚的自然条件，善于经营港口的海汉当然要设法将这里打造成一个类似于三亚的自由贸易港。这就意味着会有许多基建工程和工作岗位，同样也需要在本地征集大量劳动力。
在邱元抵达马尼拉几天之后，街头便开始出现了官府要在本地大量招募劳工的告示，内容用汉字与西班牙文双语写成，凡是想求一份工作的本地人，都可以在指定时间前往指定地点，登记个人资料后便能得到工作分配的机会了。即便是刚刚脱离奴籍的人员，也会得到一视同仁的待遇。
对于战后惶惶不可终日的本地人来说，这些招募告示无异于是新生活的开始，只要战乱终止，能得到一份可以养活自己的工作，那么谁来担当马尼拉城的统治者，似乎也不是什么要紧的事情了。
告示贴出到街头的第一天，便有超过五百人前往官府指定的报名地点登记，唯恐错过了这个机会。而当官府履行了告示上的待遇，在登记资料后立刻为这些人分配工作的消息传开，更多原本持观望态度的民众也坐不住了，纷纷前去为自己争取一份生计。到第三天的时候，官方所登记的人数已经突破两千，其中约莫一半的人被分配到了马尼拉港，对这里的码头设施进行改扩建。其余的人则有大部分都被派去城北新近成立的国有农场，在那里开垦新的农田，以栽种农业部所规划的各类经济作物。
西班牙人占领时期，马尼拉港的码头规模其实也已经不算小了，鼎盛时期的马尼拉舰队驻防在这个港口，所占用的码头也不过才整体的三分之一不到而已。只是西班牙人对码头的开发建设受这个时代的生产力和造船水平所限，根本没考虑过会有海汉所能建造的这种大型帆船进入港口停靠，在泊位的设计上依然趋于保守。此外港口上也没有什么大型设备，不像海汉自家经营的港口，既有便捷的干散货吊装工具，又有由海到陆的码头轨道运输系统之类可以提升装卸货效率的港口设施。
要扩大这里的贸易规模，邱元认为首先就应该提升港口的货物吞吐能力，而他在实地考察了马尼拉港之后，认为旧有的状况显然不适合海汉的经营标准，所以必须要先对港口码头进行一定程度的升级改造，让这个海上门户能够保证货物进出港的畅通无阻。
当然了，要进行邱元所设想的改造，工程量也小不了，按照估算至少要有三至六个月的工期，而且还得分阶段施工，以保证马尼拉港在施工期间依然能够维持正常的运转。于是这在带来了大量工作岗位的同时，也给新上任的邱元带来了不小的经费压力。即便是按照最便宜的的工程造价标准来计算，马尼拉港的改造工程所遇花费也得百万之巨，而执委会批给他的建设经费相差太大，能把一期工程搞完就算很节俭了。
好在邱元对于这种状况也有所准备，这次从三亚出发的时候，同行的船队中除了各个部门的基层官员之外，还有来自大明、安南、葡萄牙等国的商人。这些在战后第一时间就去往马尼拉的外国商人，目的自然是为了要早点过去抢占地盘，在新兴殖民地能够得到什么样的好处，他们在过去几年中早就已经尝过甜头了。而他们能得到这个机会，也是因为与海汉官方的关系颇为密切，才能提早得到这些内部消息。
当然这种“照顾”并不是单方面的，既然要从海汉新近占领的殖民地捞取好处，那也得付出一些交换条件，比如说掏钱赞助当地的的港口设施就是其中一种。邱元把这些商家召集起来开个会，表露了修建港口的资金有些不足，不过今后港口建成，会优先向那些在此期间作出贡献的商家分配码头和仓库。于是各家便心领神会，果断捐钱捐物来表示对官府的支持，不过一天工夫，就基本解决了工程资金缺口的问题。
而商家由此所换得的回报可不仅仅只是限于港口码头这点福利而已，接下来在内陆地区进行的农业开发，这些出了血的商家也同样拥有了优先圈地和选择经营项目的待遇。
农业部已经为他们准备好了多个以千亩为单位的种植园项目，就等着这些商家自行挑选之后前往北方内陆圈地实施。类似的合作已经在海汉的其他统治区实施过多次，双方对此都已经驾轻就熟，在流程上也没有什么需要担心的东西。目前农业部的计划是尽快完成前期的圈地和种植项目确定，然后便从海南岛的育种基地将种苗运来这边，力争在今年国庆之前就让第一批种植园投入正式运营。
而对于吕宋岛上的诸多矿藏，目前还暂时腾出不足够的人手去进行开发，邱元就是有再多的想法，当下也只能先对着地图眼馋着。执委会倒也没有要求他拿出一个具体的开采时间表，年内先将马尼拉这边的局面稳住，让各项管理工作逐步进入正轨就算是能交差了。
在罗杰的部队离开一周之后，哈鲁恭带着骑兵营也撤离了马尼拉，先返回海南岛进行短期休整，然后再前往辽东地区，正好赶上开春之后可能会爆发的交锋。骑兵营这次来马尼拉虽然未立下什么大功，但收获却也不小，除了国防部给予的军费奖励之外，哈鲁恭还带走了从本地牧场搜罗到的四十多匹安达卢西亚幼马。如果不是颜楚杰发话要留一批战马在本地，他大概会连战后缴获的西班牙战马也悉数装船带走。
骑兵营撤离之后，此次出征马尼拉的海军舰队也启航各自返回驻地。王汤姆亲自率领陆战队北上，如今唯一能让他这支部队继续练兵的地方，大概也就只有遥远的黄海渤海地区了。不过除了后金这个对手之外，王汤姆自己还有一些别的打算，只是目前时机尚未成熟，王汤姆也就以练兵为先，积累作战经验慢慢做准备。
最后一支离开马尼拉港的特种部队便是钱天敦的特战营了，国防部长颜楚杰也随他们一同返回三亚。作为此次攻克马尼拉的最大功能之臣之一，特战营将在返回三亚时接受民众的迎接，并参加执委会为此专门准备的庆功大游行。当然了，钱天敦和特战营上下期盼已久的编制升级，也会在活动期间作为对这支传奇部队的奖励正式对外公布。
不过在特战营撤离马尼拉之前还有一个小小的插曲，那就是海汉悄悄释放了西班牙人阿拉贡内斯，并调派了一艘西班牙商船给他，让他可以去往南海地区其他仍在西班牙统治下的殖民地。阿拉贡内斯在被抓捕之后选择了与海汉合作以换取自由，而海汉最终也履行了这个约定。只是阿拉贡内斯的菲律宾总督身份自此已经名存实亡，而且今后可能还会遭受来自西班牙国内的治罪，就算从海汉这里恢复了自由身，以后也未必能够再过上舒心的日子了。